Il palazzo risale all'inizio del XIII secolo e fu costruito attorno a una torre medievale preesistente (XII secolo), alta oltre 35 metri, che si conserva integralmente insieme a una merlatura guelfa. I primi proprietari furono i Capodilista (dal 1785 Emo Capodilista), antica e prestigiosa famiglia padovana presente in città fin dal IX secolo; i discendenti hanno posseduto il palazzo sino ai primi anni 2000. Il palazzo, che conserva ancora elementi duecenteschi, fu restaurato e rinnovato perlopiù nel Settecento; al suo interno conserva una pregevole decorazione monumentale rococò e neoclassica, ancora ben conservata. All'interno del palazzo vi è anche la sala decorata da Francesco Zugno Nell'atrio del Palazzo è conservata la lapide funeraria di Tito Livio, morto a Padova nel 17 d.C., con un'epigrafe incisa su un grosso blocco di ruvida trachite euganea. Un'altra lapide ricorda il soggiorno di Amedeo di Savoia duca d'Aosta, ferito nella battaglia di Custoza, che qui fu curato dalle ferite ricevute in campo.